한국경제통상학회는 기존의 한국경상학회와 한국국민경제학회를 2005년 6월 1일부터 통합하여 새로 출범한 학회이다. 

한국경상학회는 경제학, 경영학, 무역학 등 경제통상 분야의 학문을 전공하는 연구자들의 순수학술단체로서, 1983년 4월 24일 창립된 이래 22년간 정기 학술발표대회를 개최하고 학술논문집을 발간하여 학문과 경제발전에 기여해왔다. 심원필(안동대), 정민수(대구대), 손광락(영남대), 김한규(계명대), 박병진(영남대) 등의 교수님들이 한국경상학회의 회장을 역임하였고, 현재는 고문으로서 학회활동을 지원해 주고 있다. 그간 주요 학회활동으로서는 춘계와 추계로 나누어 연 2회 학술대회를 개최하였으며, 「한국경제통상학회 소식지」와 논문집인 「한국경상논총」을 연 2회 발간하였다. 2002년 하반기에는 학회지 「한국경상논총」이 한국연구재단(한국학술진흥재단)으로부터 등재후보지로 인정받게 되었다.

한편 한국국민경제학회는 1991년 4월 27일 부산상공회의소에서 부산·경남지역의 각 대학 교수 및 지역경제단체 등 70여명이 참석한 가운데 각 지역 경제학자들간의 교류를 통해 경제학과 지역경제개발에 기여한다는 목적으로 한국동남경제학회로 창립되었으며, 그 후 1996년에는 한국국민경제학회로 이름을 바꾸었다. 이해주(전 부산대), 신규성(동아대), 신태곤(부산대), 이우태(경남대), 박일규(동아대), 박태섭(동의대), 최대환(경상대) 등 여러 교수님들이 한국국민경제학회의 회장을 역임하였다. 한국국민경제학회의 그간 주요 활동으로는 학회 연구논문집인「경제학논집」을 연 2회 발간해 왔으며 춘계와 추계학술발표대회를 개최하였다. 2002년 상반기에는 학회지「경제학논집」이 한국연구재단(한국학술진흥재단)으로부터 등재후보지로 인정받게 되었다. 

두 학회는 2000년도부터 매년 부산, 대구, 광주 등의 지역을 오가며 학술대회를 공동으로 개최하는 등 학술교류활동의 활성화를 위해서 노력해 왔다. 두 학회는 2002년부터 학술지 통합을 위해서 세 차례에 걸쳐 협의한 결과 2003년부터는 한국경상학회지인「한국경상논총」과 한국국민경제학회지인「경제학논집」을「경제연구」로 통합하여 연 4회 발간하고 있다. 2005년부터「경제연구」는 한국연구재단(한국학술진흥재단)의 등재지로 선정되었다.

이러한 두 학회의 학회지 통합에 이어 2005년에 한국경상학회와 한국국민경제학회가 학회통합을 결의하고 2005년 5월 21일 양 학회 통합 및 창립총회를 개최하여 한국경제통상학회가 출범하였으며 초대 회장으로 경북대 최용호 교수가 선임되었다.

2005년 5월 21일 사단법인 등록을 위하여 재정경제부 주관에 속하는 사단법인 정관 작성기준 상의 요건에 맞추어 정관을 개정하여 오늘에 이르고 있다. 2006년 3월 17일 재정경제부로부터 민법 32조에 의거 사단법인 설립허가증(제98호)을 교부받았으며, 2006년 5월 4일 경산세무서로부터 학회의 고유번호증(수익사업을 하지않는 비영리법인 및 국가기관 등에 교부)(고유번호 : 515-82-07952)을 교부받았다.

한국경제통상학회의 역대 회장은 초대 회장(2005.5.21~2007.5.30)으로 최용호 경북대 교수가 2년간 역임하였고, 제2대 회장(2007.6.1~2008.5.30)은 황규선 부산대 교수, 제3대 회장(2008.6.1~2009.6.30)은 홍철 대구경북연구원 원장, 제4대 회장(2009.7.1~2010.6.30)은 김일태 전남대 교수, 제5대 회장(2010.7.1~2011.6.30)인 이대식 부산대 교수, 제6대 회장(2011.7.1~2012.6.30)인 최성관 안동대 교수, 제7대 회장(2012.7.1~2013.6.30)인 김호범 부산대 교수, 제8대 회장(2013.7.1~2014.6.30)인 김종웅 대구한의대 교수, 제9대 회장(2014.7.1~2015.6.30)인 김영재 부산대 교수, 제10대 회장(2015.7.1~2016.6.30)인 손수석 경일대 교수, 제11대 회장(2016.7.1~2017.6.30)인 최창곤 전북대 교수, 제12대 회장(2017.7.1~2018.6.30)인 이기동 계명대 교수, 제13대 회장(2018.7.1~2019.6.30)인 남병탁 경일대 교수, 제14대 회장(2019.7.1~2020.6.30)인 김기승 부산대 교수, 제15대 회장(2020.7.1~2021.6.30)인 김용원 대구대 교수, 제16대 회장(2021. 7.1~2022.6.30)인 유영명 신라대 교수, 제 17대 회장(2022.7.1~2023.6.30)인 이우형 계명대 교수를 거쳐 현재 제18대 회장(2023.7.1~2024.6.30)은 박재필 군산대 교수가 수행하고 있다.